复旦大学附属上海市第五人民医院创建于1904年，为工部局所建的“西人隔离医院”。1939年由日本同仁会接办，改称“同仁会医院”。1945年收归国有，定名为“上海市市立第五医院”，1949年上海解放，更名为“上海市市立第五人民医院”。1960年迁至闵行，一度又称“上海市闵行区中心医院”、“上海市工农医院”，1984年经批准恢复“上海市第五人民医院”院名。1995年原闵行区传染病医院并入。1998年闵行区人民政府和原上海医科大学联手共建市五医院，随着原上海医科大学与复旦大学合并为新的复旦大学，现医院又称“复旦大学附属上海市第五人民医院”，为二级甲等非营利性公立医院。
复旦大学附属上海市第五人民医院目前占地5.81公顷（约90亩），建筑面积6万平方米。医院核定床位584张，开放床位800张，年门急诊量超过70万人次，年住院病人超过1.4万人次，住院病人手术超过6，000例次；现有职工1，000余人，专业技术人员900余人，其中高级职称百人，硕博士46人。医院现拥有上海市百人计划1名，上海市曙光学者1名，上海市医苑新星1名，上海市区县百人计划4名，闵行区卫生系统学科带头人14名；有6人享受国务院特殊津贴；4位专家列入上海领军人才“后备队”（闵行领军人才）培养计划。
作为复旦大学附属医院和蚌埠医学院、皖南医学院教学医院，医院每年承担五所院校临床、公卫等七个专业200余人的教学任务，拥有授课教授和兼职教授60余人。医院每年发表学术论文约200篇，约1/3在国内核心和权威期刊上发表，部分在国外期刊中发表，也有一些有IF、SEI、SCI指数的文章。
复旦大学附属上海市第五人民医院现有万元以上设备600余件，拥有重症监护（ICU、CCU），全国一流的高压氧舱、MRI、16层CT、ECT、DSA、800MA的大型X光机、数字胃肠机、C臂介入X光机、全身及脑部彩色超声诊断仪、血液透析、腹腔镜、关节镜、电子内镜系统、碎石机、全自动生化分析仪、超声乳化仪、玻璃体切割器、眼科电脑视野仪、多种激光治疗仪等大型医疗仪器设备，直线加速器也正在配置中。医院资产总值达3.5亿元，其中设备总值8000余万元。医院现能开展全膀胱切除-原位新膀胱术、腹腔镜胆囊切除、肾囊肿切除术及腹腔镜手术治疗宫外孕、人工心脏起搏器安装、心脏间隔缺损封堵术、射频消融术、冠脉造影及安置支架、人工晶体植入、喉再造等难度高、技术新的手术。良好的医疗环境，优质的医疗服务使群众对医院满意率达到94%，医院连续四次被评为上海市文明单位。
复旦大学附属上海市第五人民医院从建院之初的8个临床科室，150张床位的条件下，努力发展学科建设，陆续开设了绝大部分二级和三级学科，迄今已基本齐全。设有内科（分设呼吸、心血管、消化、肾脏、神经、内分泌、血液、感染与风湿病等分科）、普外科、胸外科、神经外科、泌尿外科、妇产科、儿科、骨科、中医科、老年科、肿瘤科、传染科、急诊科、麻醉科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、保健科、职业病科、高压氧科、理疗科、检验科、核医学科、放射科（含放射介入和放射治疗科）、药剂科、超声医学科、病理科、营养科等37个专业科室。其中泌尿外科和中医支气管炎专科是上海市医学特色专科；眼科、耳鼻喉科、病理科、儿科新生儿专业、心内科、呼吸科和骨科是闵行区医学特色专科；高压氧舱治疗为和上海市继续教育项目。各科室积极开展新技术、新项目，有较好的抢救重危病人水平。